如果一个16岁的男孩和一个13岁的女孩发生了两次

16岁男孩与13岁女孩发生性关系，可能面临三至十年有期徒刑，甚至更重。依据《刑法》，奸淫不满十四周岁幼女会从重处罚，情节严重可判十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑。不及时处理，将严重影响女孩身心健康，男孩也将面临严厉法律制裁。
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男孩将受法律制裁。具体操作：1.立即报警，由警方介入调查；2.女孩家长可提起民事诉讼，要求赔偿；3.男孩需配合调查，如认罪可争取从轻处理；4.法院根据证据和情节判决，可能涉及有期徒刑、赔偿等。
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此情况常见的处理方式是依法追究男孩刑事责任，并考虑民事赔偿。选择处理方式时，需根据案件具体情况，如双方关系、女孩受伤害程度及男孩认罪态度等，综合判断后决定。